Bij fytotheraphie (kruidengeneeskunde) maakt men gebruik van plantenextracten en deze worden zoveel mogelijk puur gegeven. Er worden middelen gegeven die tegen de klacht inwerken, net zoals men dat regulier doet. Bij verstopping wordt dan gekozen voor een fytotherapeutisch middel dat laxeert. Een fytotherapeutisch middel moet meestal langduriger worden ingenomen. Men kiest een bepaald middel bij één en dezelfde klacht dat bij verschillende mensen gebruikt kan worden.
Een homeopathisch middel is in de eerste plaatst verdund en geschud (gepotentieerd) en wordt niet alleen maar gemaakt van planten maar kan bijvoorbeeld ook bestaan uit mineralen en dierlijke bestanddelen. Bij het gebruik van een homeopathisch middel wordt alleen een prikkel gegeven om het zelfherstellende vermogen van het lichaam aan te zetten tot genezing.
In tegenstelling tot de fytotherapie geneest men het gelijke met het gelijksoortige. Dat wil zeggen dat men een middel voor de patiënt zoekt dat gelijksoortige klachten bij gezonde proefpersonen opwekt. Dus fytotherapie heeft meer de reguliere benadering het gelijke met het tegenovergestelde te behandelen en homeopathie het gelijke met het gelijksoortige.
In de homeopathie schrijft men een middel voor op het totaalbeeld van de persoon, dat doet men met fytotherapie niet. Homeopathische middelen moeten dus bij de gehele mens passen en niet alleen bij zijn klacht. Ook neemt men een homeopathisch middel vaak maar één maal in.
Fytotherapeutische middelen zijn bijvoorbeeld: Echinacea, een middel dat gebruikt wordt om de weerstand te vergroten. In de homeopathie kent men veel middelen met dit effect. In wezen is het zo dat ieder goed gekozen homeopathisch middel de patiënt een beter afweersysteem zal geven.